Voilà deux ans que Jason Bourne et Marie Elena Kreutz vivent à Goa en Inde, oubliés de tous du moins l’espèrent-ils.
À Berlin la directrice adjointe de la CIA, Pamela Landy, monte un piège dont l’objectif est d'identifier l’agent double qui a dérobé 20 millions de dollars à l’agence. Mais l’opération se solde par un fiasco : Kirill, un agent russe, travaillant de concert avec l’agent double, élimine les agents directement impliqués, s’empare de documents secrets, empoche une valise de dollars et laisse une empreinte de Bourne sur les lieux.
Kirill débarque ensuite à Goa, avec pour mission d’abattre Jason Bourne… Et lorsqu’il quitte l’Inde, il est convaincu d’avoir atteint sa cible, alors que seule Marie a été tuée dans l’attentat.
Convaincu que la CIA est le maitre d’œuvre du drame, Jason Bourne gagne l’Europe pour se mettre en quête des responsables de Treadstone, programme secret de formation de tueur d'élite, auquel il appartenait.

« La Mort dans la peau » constitue le deuxième volet de ce qui est à ce jour un triptyque cinématographique, dont chacun des éléments est une adaptation de la trilogie créée par Robert Ludlum entre 1980 et 1990.
A l’image de sa précédente apparition, Jason Bourne tente de renouer avec ses souvenirs alors qu’il se débat au cœur d’une toile d’araignée tissée par des conspirateurs cyniques qui puisent leurs forces dans l’absence de scrupules. Seul contre tous et ignorant qui se cache derrière ce « tous », comme il ignore sa véritable identité, Jason Bourne ne peut déjouer les traquenards et en dernier lieu survivre qu’en « soignant » son amnésie afin de demander pardon de ses crimes véritables et non pas de ceux qu’on lui impute.
Et le triptyque, en son centre, se pare des attributs du chiffre trois, celui de la religion. Non pas uniquement en ce qu’il renvoie à un autre mystère que celui de la Sainte Trinité, mais aussi parce que chaque panneau peut se découper en trois, dans un mouvement ascensionnel.
Les trois personnes Jason Bourne, le tueur de la CIA, l’amnésique ne sont qu’une. Et celle-ci ne pourra s’épanouir que lorsque Jason Bourne se sera soustrait au monde de l’oubli pour accéder à la tranquillité, chemin qu’il ne pourra parcourir qu’en traversant sa zone de sanctification c'est-à-dire en se découvrant.

Mais la route, qui le mène à cette délivrance et qui passe par rédemption des meurtres, elle-même fruit de sa confession, est un véritable chemin de croix, que la caméra suit au plus prêt, inaugurant, peut-être, une nouvelle façon de filmer l’action, non plus dans son intégralité, mais dans une articulation des éléments qui la composent. Comme si elle voulait capter ce qui se dissimule au cœur des individus.

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